История появления мужской обители началась задолго до основания самого монастыря, в те времена, когда на месте современной Одессы была лишь крепость и множество хуторов. В удалении от поселений, в степной местности находился женский Михайловский скит. Состояние его дел было упадочным и в итоге не имевшее достатка существование скита было прекращено. В конце XIX скит был закрыт. Единственным упоминанием о его существовании стала оставшаяся маленькая церковь. Именно с этой церкви, которая была духовной обителью для близлежащих хуторов и начнется история монастыря. В скором времени, после закрытия скита, на его территории был открыт Одесский аэроклуб. Аэроклуб, в последующие годы, переименовали в «Школьный аэродром». Авиаторы того времени не стали сносить молельный дом, который достался им вместе с территорией бывшего скита. Церковь в народе называли церковь «Уточкина», в честь легендарного одессита Сергея Уточкина, который покровительствовал над этой церковью. Следует отдать должное участникам аэроклуба, они всячески поддерживали ее, а в годы гонений и репрессий отстаивали и защищали ее. К сожалению, покровительство летчиков не спасло церковь от разрушения. После смерти идейного вдохновителя летной школы Уточкина, его соратники покинули аэроклуб, разъехавшись по разным уголкам земли. Властью было принято решение о строительстве военного аэродрома и присутствие церкви на его территории вызывало резонанс в высших партийных кругах. Церковь снесли, а про ее существование, известно лишь то, что она стояла возле родника, который был заточен новой властью в подземный трубопровод. В 1998 году, в мае, Священный Синод Украинской Православной церкви провел заседание, итогом которого было принятие постановления о благословлении открытия обители в Одессе, во имя Иверской Богородицы. Началось строительство храма и к концу октября, был завершен первый купол церкви. Уже через три дня, 26 октября, состоялась первая божественная литургия. Ее провел митрополит Агафангел Одесский и Измаильский. Им было совершено освящение престола в монастыре, а так же переданы иконы и различная церковная утварь. В этом же году, была открыта воскресная школа. Весной 1999 года, на территории Свято-Иверского мужского монастыря найден тот самый родник, который некогда протекал у церкви Михайловского скита. Вода из «Иверского источника» является не только чистой, но и минеральной, по своим свойствам она уникальна, и превосходит любую другую по всей Одессе. К середине 2000 года, в июле, в обитель прибыла Иверская Икона Божией Матери , воссозданная по точному списку. Чудотворная икона является точной копией существующего оригинала, единственным отличием является взгляд Богородицы. На старом образе она сурова и гневна, а на новом ее взгляд полон скорби и печали. Сегодня икона размещена в монастырской часовне. В настоящее время территория монастыря активно развивается и расширяется. На территории монастыря построена гостиница для размещения посетителей и паломников, действуют угольный и свечной цеха, открыта столярная мастерская. Свято-Иверский мужской монастырь известен уникальными мастерскими, в которых обучают иконописи и швейному рукоделию. При монастыре действует церковная лавка, где желающие могут приобрести церковную утварь, произведенную руками послушников.